اعتقل نائل البرغوثي للمرة الأولى في 18/12/1977، وحكم عليه بالسجن لمدة ثلاثة أشهر، بعد الإفراج عنه بـ 14 يوم قام الاحتلال “الاسرائيلي” بإعادة اعتقاله بتهمة مقاومة الاحتلال برفقة قريبه وصديقه فخري البرغوثي ليصدر بحقهما حكم السجن المؤبد بالإضافة إلى 18 عاماً.
في عام 2011، تم الإفراج عنه ضمن صفقة وفاء للأحرار (صفقة شاليط)، لكن الاحتلال فرض عليه الإقامة الجبرية، حيث مُنع من الخروج من محيط مدينة رام الله وقراها. تزوج بعد خروجه من الأسيرة المحررة إيمان نافع في 18/11/2011، وكانت قد اعتقلت سابقاً في 1987 وأفرج عنها في شهر 2/1997.
التحق فيما بعد بجامعة القدس المفتوحة لدراسة التاريخ، ولكن أعيد اعتقاله في 8/6/2014، وذلك بعد خطاب ألقاه في جامعة بيرزيت وحكم عليه بالسجن لمدة عامين ونصف، إلا أن الاحتلال قرر إعادة حكمه القديم بالمؤبد.